Specialista/ka v oblasti datové infrastruktury a služeb (Life Sciences)

Pracovní nabídka

Greenfield pozice – možnost postavit výzkumnou datovou platformu od prvních návrhů až po produkční provoz.

Hledáme technicky zdatného IT inženýra či IT inženýrku, který/á se bude podílet na budování výzkumné datové infrastruktury od základů. Budete mít možnost významně ovlivnit návrh a rozvoj datové platformy, automatizaci toku experimentálních dat a vývoj systémů, které podporují špičkový výzkum v oblasti molekulární biologie a biomedicíny.

Nejde o běžný vývoj podnikových aplikací – vytváříme infrastrukturu, která propojuje laboratorní přístroje, datová úložiště, repozitáře a výpočetní platformy a umožňuje výzkumníkům a výzkumnicím efektivně pracovat s experimentálními daty. Výsledky vaší práce budou mít přímý dopad na moderní vědecký výzkum.

Budete jedním z prvních technických členů týmu nově vznikajícího Servisního pracoviště správy výzkumných dat a digitálních služeb (Research Data Management and Digital Services). Dostanete prostor ovlivnit technologický směr, navrhovat řešení a postupně převzít odpovědnost za klíčové části celé platformy. Ve spolupráci s vedoucím týmu, data stewardem a výzkumnými pracovníky budete navrhovat a realizovat řešení od architektury až po produkční provoz.

Nově vznikající servisní pracoviště bude zajišťovat institucionální podporu v oblasti správy výzkumných dat a současně koordinovat vybrané digitální nástroje a informační systémy podporující výzkumnou činnost a služby servisních pracovišť. Cílem pracoviště je nastavit jednotné procesy a standardy pro správu výzkumných dat v souladu s principy FAIR, Open Science, požadavky poskytovatelů financování i relevantní legislativou, a zároveň poskytovat podporu při zavádění a rozvoji vybraných výzkumných informačních systémů.

Čemu se budete věnovat

• podílet se na návrhu a implementaci end-to-end řešení pro sběr a zpracování dat z  laboratorních přístrojů,

• integrovat heterogenní systémy (laboratorní přístroje, databáze, úložiště a výzkumné platformy),

• navrhovat a udržovat datové modely pro experimentální data a metadata,

• vyvíjet backendové integrační služby a REST API,

• navrhovat řešení zajišťující spolehlivý a konzistentní přenos dat mezi systémy,

• podílet se na architektuře a rozvoji výzkumné datové platformy,

• pracovat s velkoobjemovými experimentálními daty (typicky desítky až stovky TB ročně ze sekvenačních a dalších laboratorních přístrojů).

Požadované technické dovednosti

• praktická znalost programování v Pythonu,

• dobrá znalost Linuxu,

• zkušenost s návrhem nebo implementací datových pipeline či integračních řešení,

• znalost relačních databází (PostgreSQL, MySQL nebo MariaDB) a SQL,

• zkušenost s REST API,

• orientace v principech ukládání dat (NAS, NFS, S3-kompatibilní úložiště),

• práce s Git,

• praktická znalost Bash; zkušenost s PowerShell je výhodou při integraci laboratorních zařízení provozovaných na platformě Windows,

• schopnost analyzovat technické problémy a navrhovat řešení,

• angličtina na úrovni umožňující práci s technickou dokumentací a komunikaci s dodavateli.

Výhodou je

• zkušenost s Dockerem nebo kontejnerizací,

• orientace v objektových úložištích (S3, MinIO, Ceph),

• zkušenost s workflow nástroji (Dagster, Airflow, Nextflow),

• znalost vědeckých datových formátů (FASTQ, BAM, CRAM, VCF, FCS, TIFF, OME-TIFF, HDF5),

• zkušenost s LIMS nebo ELN systémy,

• zkušenost z výzkumného nebo laboratorního prostředí,

• zájem o moderní správu výzkumných dat.

Co nabízíme

• možnost budovat výzkumnou datovou infrastrukturu od základů,

• významný vliv na návrh architektury a technologických řešení,

• práci s moderními technologiemi v oblasti biomedicínského výzkumu,

• spolupráci s výzkumníky, bioinformatiky a IT specialisty,

• odborný růst a zapojení do mezinárodních projektů,

• flexibilní pracovní dobu a možnost občasné práce z domova dle domluvy,

• stabilní dlouhodobé výzkumné prostředí.

• benefity (stravné, příspěvek na důchodové pojištění, příspěvky na dětskou rekreaci, příspěvek na očkování proti chřipce).

• sportovní zařízení v areálu (squash, volejbal, basketbal a fitness).

Koho hledáme

Tato pozice je vhodná pro Python vývojáře/vývojářku, backend vývojáře/vývojářku, Data Engineer/ku nebo Systémového integrátora/ku, který/á chce pracovat na infrastruktuře pro vědecký výzkum. Nemusíte znát všechny používané technologie – důležité jsou dobré technické základy a chuť učit se.

Budete se podílet na návrhu technických řešení, implementaci datových služeb a postupném rozvoji celé platformy. Očekáváme schopnost samostatně řešit technické úkoly, diskutovat návrhy řešení a aktivně přispívat k návrhu výsledného řešení.

Předpokládaný nástup

· Dle dohody. Možný ihned.

Přihláška do výběrového řízení by měla obsahovat

strukturovaný profesní životopis,
motivační dopis